3年前的11 月7日佐藤警官处理邮局强盗事件后收到炸弹预告的传真，到事件最后松田警官用自己的生命来换取炸弹所在地点，三年后的今天刑事厅有收到了和三年前一样的炸弹预告的传真，事情起因是少年侦探团在外活动时撞见了邮局强盗所以通知在附近执勤的佐藤警官
就在这时佐藤看见白鸟和高木从远处跑来
“你们俩什么在这里”佐藤看着跑来的两人
“白鸟警官~高木警官好”柯南带着少年侦探向跑来的两人问好
高木看了一眼身边的几个小鬼就走到佐藤身边
“佐藤刚刚收到预告”高木在佐藤耳边小声说着预告信中的内容
听到这个消息佐藤的心中一惊，想起了那位念念不忘的他，就在佐藤震惊的时候停放在一边白鸟的车子突然爆炸。柯南猜想歹徒先用预告电话引诱警察们出动，然后伺机在车上安装了炸弹。
“看来这次事件并不简单”灰原在柯南耳边嘀咕了一句
听到小哀的提示柯南沉思了一会
“回去之后让天晴帮忙查一查三年前的事情”柯南第一时间想到这个事件应该和他们说三年前的事件有关联
原来白鸟警官看到车内贴着的条子是3年前连续爆炸事件的犯人所发出的，也猜到一打开车门炸弹就会爆炸。但为了早一点把犯人的条子给佐藤看，他还是冒着危险马上打开了车门。因为他觉得这是帮助佐藤从困扰着她的挥之不去的记忆中解脱出来的好机会。
字条上写着：“我是刚球豪打的选手，延长赛开始啦……”酷似3年前连续爆炸事件时收到的犯人的预告函文体。警视厅管辖内的警署也纷纷收到了相同的字条。警视厅根据传真的字面内容推测炸弹共有2枚，将分别于明日正午及下午3点爆炸，并开始了紧急戒备。
当柯南和少年侦探团几人分散以后就打了个电话给天晴
“天晴我是柯南有事请你帮忙”这时天晴正在家里研究紫嫣发给她的新型迷你手枪
“出什么事了吗”天晴听到柯南说有事找她就放下手上的武器然认真听他说完
“我们这里发生了爆0炸案可能和三年前那几起爆炸案有关系而且还涉及了警官的牺牲”柯南说出个大概
“给我几分钟”天晴边说边用电脑查了起来
在等待的时候柯南和灰原讨论起来
“你怎么看”柯南很想听听灰原的分析
“看到歹徒的预告犯人好像想用东京的1200万居民当作人质来向警察进行报复的行为”灰原得出一个恐怖的结论
不多时天晴的电话打回给柯南
“你们要的资料查到了，三年前警方收到了一个爆炸预告信，后来因为警官失误中了犯人全套让当时负责调查的探员松田殉职于摩天轮而犯人逃脱了，我想这次事件不是偶然，还有我拿到了一份当时炸弹的图片等会我发到你手机，那个炸弹是非常有趣的玩意”天晴嘴角流露出有深意的微笑直接把另外一张图片发给紫嫣
不多时天晴把图片发给柯南连带一份破解的线路图
柯南和灰原两人看着手机的图片双眼瞪大
“水银引爆”两人看见图片大惊
“接下来的事情你们自己注意安全有事再联系我”天晴结束了通话
两天以后警视厅又收到了预告信而且拆解后他们发现炸0弹共有2枚将分别于明日正午及下午3点爆炸，警察厅开启了紧急戒备。
这时柯南和灰原坐进了佐藤警员和高木警员的车子与两名刑警一起推测着炸弹的所在。对于犯人把东京都1200万居民当作人质来向警察进行报复的行为，柯南和刑警们怒不可遏。但是查找到的炸弹都是假炸弹，犯人似乎把搜查人员玩弄于掌心。
次日早上佐藤为了让高木远离搜查现场故意让他送柯南和灰原回家佐藤警员决心不再让亲近的人被死神夺走，但在车上柯南推理出炸弹就在东京铁塔后，高木开着车快速敢去同时联系了目暮警官，当高木在疏散人群时铁塔的电梯上发生了小型爆炸电梯中途停顿。在电话里听说了情况的佐藤意识到这事件与3年前相同，这是犯人引诱警察的陷阱佐藤命令高木在现场待命，但得知有小女孩困在电梯时柯南和灰原利用小小的身体救出小女孩可是电梯的再次坠落让他们和高木一同困在电梯里
“高木警官请你把我抱上电梯顶，我想这次事件不简单”柯南吩咐着
高木看着电梯顶上自己是没有办法上去的就听从柯南意见直接把他送上电梯顶
“小心点”灰原担心的看了柯南一眼
“没事的啦”柯南打开了电梯顶爬了上去
上去的瞬间柯南看到了一个铁盒
“柯南上面有没有异样没有的话我上来看看有没有其他出路”高木一直和佐藤通着电话
听到高木要上去柯南立刻阻止
“你不能上来这里有炸弹而且水银贡柱已经开启，如果电梯有一点震动就会爆”柯南紧急的叫了句
“水银引爆”高木吃了一惊
而电话里的佐藤也听到了高木的话，这就是犯人为警察设下的陷阱
为避免触动起爆装置，柯南必须一个人独立拆除炸弹而犯人利用监听来听取电梯里的一举一动
另一方面柯南也发现偷听器现在她一边和灰原东扯西拉的传递信息另一边和天晴发着短信，柯南用短信来请天晴调取铁塔外围的监控因为他知道犯人一定在附近，现在柯南在电梯顶收到了拆0弹的工具开始动手拆弹，工作进行的很顺利，但在将要完成的时候犯人又传来了信息第二颗炸弹的所在只有在第一颗炸弹爆炸前3秒钟时才会通知，柯南已经解开了预告函的暗号，推理出了第二颗炸弹的放置场所但是400多处可能场所到底是哪个无从知晓，这时柯南几人只能和松田警员一样等待爆炸前3秒钟犯人发来的信息这时柯南没头没脑的问了灰原一句“你有后悔和我相遇吗”
灰原听到这句话慌了一下嘴角流出微笑
“I never regret meeting you. You are my most important person”听到灰原的回复柯南嘴角流出了笑容
这时柯南从电梯顶跳了下来对于这个动作把高木吓了一跳
“高木警官最后的地点是”柯南把一跳手机短信递给高木看
这时高木小声的和佐藤说出地点最终在众人的合力那个逃脱了三年的犯人终于落寞了当然案件结束后高木被佐藤教育着。
回去的路上
“灰原你刚刚在电梯说的话是不是真的”柯南在灰原耳边轻轻问
“我刚刚有说什么吗色狼大侦探”灰原脸色一红用豆豆眼的看着眼前这个呆呆的男生
“你刚明明说我是你最重要的人”柯南说出重点
“有吗你听错了”两人走着走着就到博士家
这时柯南一把拉住要进门的灰原
“相信我！我会处理好一切请你等我”柯南在灰原耳边说完就快步离开了
灰原看着远去的身影嘴角流出微笑