崇祯二年三月，面对京城士子冲击官府的事件，朱由检出动勇卫营，以雷霆手段迅速镇压之。一时间再次引起全城轰动。
事情发酵，舆论再次哗然，不过这次大家理智了好多，还有残存的正在读书的人家，纷纷把自家孩子给关在家中，一天天跟看狗一样看着，生怕自己家也被轰了。而遭殃的那些人家，以及此次事件的罪魁祸首东林党人，则是针对此次事件，疯狂进行口诛笔伐，坚决不动手动脚…
“惊现！刽子手孙应元竟然对手无缚鸡之力的生员，士子大下杀手…”
“奇闻！对付一群生员，竟然动用大炮，到底是道德的沦丧，还是人性的扭曲…”
“刑不上大夫！众多生员公然被打杀，无数人被关天牢…礼崩乐坏…”
“他们有什么错？他们只不过是用了一种错误的手段，在错误的时间表达了正确的观点而已…”
一时间，各种文章漫天飞舞，而此时被针对的对象孙应元正在西苑大营呼呼大睡。他表示，自己的所作所为完全合法合规，并且对于对付这群乌合之众，自己提不起丝毫兴趣…
然而事情并没有结束：
东林党人在顾宪成等人的指使之下，继续将舆论风向引向阉党和厂卫身上。
朱由检则是下诏，将参与此次事件的所有人员一律定为乱党，削掉了所有参与事件人员身上的功名。并严令，彻查此次煽动士子事件，要求京兆府会同三法司，务必揪出幕后黑手，严惩不贷。
夹在中间的京兆府与三法司等一众人，至此全部戴上了痛苦面具。他们每个人都知道是怎么回事，但是朝中三分之二的官员都与此事有关联，这个案子怎么查？查到哪里算球？
而朱由检这边，也是不断地收到为京城士子求情的文书，同一时间，撤销厂卫，以及定阉党逆案的的折子也如雪片一般，从全国各地送来。
同时，企图求见天子，为学生求情的官员们，统统被朱由检挡在宫门之外，一律不见。
同样在崇祯二年三月，秦良玉带着其子马祥麟，儿媳张凤仪，以及四个侄子：参将秦佐明、参将秦祚明（秦良玉弟弟秦民屏之子，秦民屏于天启四年在在陆广战死），副将秦翼明、副将秦拱明（秦良玉大哥秦邦屏之子，秦邦屏于泰昌元年，在辽东浑河血战身死），领石柱白杆兵共计一万一千八百一十八人，日夜兼程，赶至京城。
此时，朱由检正在西苑临时办事处，与宋献策，袁枢一起处理公文。忽闻奏报：
“报…陛下，石柱土司，上柱国，左都督，镇东将军秦良玉，奉旨率军入卫京师，如今大军已至京师西城门处五里外驻军。秦将军遣将前来禀报，请陛下定夺！”
正被各种陈情烦的头疼的朱由检闻言，头也不疼了，腰也不酸了。立马说道：
“传旨，今日天色已晚，让秦将军率军在城外辛苦一晚，明日一早，命大军入城。马上派人将原京营所在打扫出来，以备明日驻军之用！”
一旁的曹化淳有些犹豫的说道：
“陛下，这恐怕与制不符啊，我大明祖制规定，外军不得入京。这…这…”
朱由检听完，眉头一皱说道：
“什么祖制不祖制的，别拿这个来跟朕说事。朕就问你。现在京营全数被朕撵到陕西去了，京城城防空虚至极，连守城门的大头兵都是勇卫营出的。孙应元为这事忙的不可开交，都和朕抱怨好几次了。
再者，秦良玉是什么人？你还怕她对朕不利吗？而且朕就是诏她来入卫京师的，你不让她进来，她怎么守卫京师？”
曹化淳见朱由检这么说，连忙撇清关系说道：
“皇爷，老奴不是这个意思。老奴的意思是，秦将军率军入城，咱们倒是无所谓，就怕朝中的那帮大臣们反对…”
朱由检闻言嗤笑一声。某位大能曾经说过，枪杆子里面出政权。老子现在手里有枪有炮，还怕他们？于是说道：
“呵呵，他们？想反对的话，让他们反对就是了，无非是动动嘴皮子而已。朕现在兵精额…粮有点不足，但是朕用得着怕他们吗？要不是杀了也没用，朕早收拾他们了。实在不行就让孙应元再出去逛两圈…好了，这事儿就这么定了！”
曹化淳听得直翻白眼，现在京城中谁人不知刽子手孙应元的大名，你让他出去逛，莫不是又想要向谁开炮了…
正想着呢，只见朱由检继续说道：
”传旨！命秦将军安顿好兵马之后，就地休整，朕明日要在西苑召见秦将军！”
报信的小卒立马说道：
“诺！”
随即领命而去。
紧接着，朱由检把朝廷那边的事情抛诸一边，将九营主将全部招来开会，他打算对九营进行进一步改编了…
另外提一嘴，九营大比此时已经结束，最终团体战竟然是李信惨胜孙传庭。当时，朱由检接到消息，都感觉不可置信，堂堂大明战神，竟然败了…感叹幸亏先把李信这小子给抓来了，这要是给了李快递员，自己可不得头疼死…
很快，九将便闻讯赶了过来，见到朱由检，纷纷行礼说道：
“末将参见陛下！吾皇圣躬金安！”
朱由检见众人全部到齐，一边回应，一边抽出来一份他早就准备好的计划书，说道：
“朕安，众将免礼。”
众将闻言，异口同声回道：
“谢陛下！”
随即，众人站定。随着新军训练的深入，这几人越来越有军人的气质了，尤其是卢象升，孙传庭，陈奇瑜，还有李信，可以说是彻底弃文从武了。身上的书生气渐渐敛去，取而代之的是军人的肃穆，阳刚之气。朱由检的目光在众人身上逡巡一圈，满意的点点头，说道：
“今日招众位前来，是有要事要通知大家。
第一就是。如今九营大比结束，朕已经安排王承恩，按照九营大比的顺序，给各位的部队进行武器装备！”
九人听到这里，除了早就完成装备的孙应元以外，其他人，有的得意，有的懊恼。不过这个不关朱由检的事，只见他翻开计划书，看了一眼继续说道：
“第二就是，如今九营已成，朕决意将九营进行再次整编…”