据传朱祁钰对待朱祁镇十分刻薄，每逢朱祁镇生日和元旦这两个节日，礼部都按例上奏请朝贺太上皇，朱祁钰一概不允，对朱祁镇的供奉也很不周到，以致钱皇后不得不做些针线活，让人带到外面出售，来换取一些食物和日用品。
不过，朱祁镇虽被软禁，但其子朱见深还是皇太子。
朱祁钰为了确保自己的后代坐上皇位，在王文为首的大臣的支持下，于景泰三年（1452年）五月降朱见深为沂王，改立自己的儿子朱见济为太子。
而在易储不久后的金刀案更是如实反映出朱祁镇当时的处境。
朱祁镇曾将一个金绣袋和一把金刀赏给伺候自己的御用监少监阮浪，阮浪又将其转赠自己门下的皇城使王瑶。
锦衣卫指挥使卢忠见袋、刀非同凡常，便趁机偷走，密告尚衣监太监高平，高平即令校尉李善举报阮浪密奉上皇之命，以袋、刀潜结王瑶，图谋复辟。
朱祁钰大怒，命将阮浪、王瑶逮下诏狱审讯，令卢忠作证，卢忠感到害怕，不愿卷入其中，便听从算命先生仝寅的建议，装疯卖傻，最终三人均未招认，其中王瑶被凌迟处死，阮浪死于狱中，卢忠被贬至广西（后与高平皆被凌迟处死），朱祁镇也逃过一劫。
景泰六年（1455年）夏，高平又向朱祁钰建言南城树多，恐生意外，请求全部砍伐，朱祁钰听从，朱祁镇连乘凉的地方都没有了，兄弟之间由此嫌隙更深。
朱见济在立太子后不到一年就死去了，此后朱祁钰再也没有生过儿子，为了生儿子，他沉湎女色，使身体每况愈下。
景泰七年（1456年）底，朱祁钰病倒，以致让武清侯石亨代他祭太庙，翌年正月十三日又让石亨代他祭天。
而石亨知道朱祁钰已经咯血，时日无多，便与都督张轨、左都御史杨善、太监曹吉祥密谋朱祁镇复辟，接着，他们一边与南宫的朱祁镇秘密接头，一边找左副都御史徐有贞谋议。
与此同时，于谦为首的大臣则主张复立沂王朱见深，大学士商辂起草了相关奏疏，在正月十六日收集了百官签名，准备第二天早上奏请。
石亨、徐有贞闻讯，决定抢先行动，于三更领军向南宫进发。
由于石亨掌皇城门匙，因此轻易进入皇城，用巨木撞开南宫宫门，朱祁镇燃烛出见，石亨、徐有贞跪地请求复辟，随后军士备好轿子，徐有贞扶朱祁镇上轿，到天亮时行至奉天门，升座受贺。
朱祁镇对百官说：“卿等以景泰皇帝有疾，迎朕复位，众卿仍旧用心办事，共享太平。”
群臣皆呼万岁，其后又在文华殿命陈循与徐有贞起草宣谕。
在午门向百官宣谕完毕后，于谦、王文就从班次中被抓起来，与朱祁钰亲信的司礼监太监王诚等都被投入锦衣卫狱中。
于谦、王文被诬陷谋立襄王世子。
朱祁镇认为“于谦实有功”，犹豫不决，徐有贞提醒“不杀于谦，此举（复辟）为无名”。
朱祁镇遂决定处死于谦等人。
正月二十一日，朱祁镇正式昭告天下，改当年为天顺元年，在诏书中指责朱祁钰“攘位”以及幽禁自己等种种失德。
二月初一日，以孙太后名义废朱祁钰为郕王，迁居西内。
十八天后，朱祁钰死去，朱祁镇以亲王礼安葬，辍朝二日，赐谥号为戾。
朱祁镇复辟后，除了杀于谦、王文及朱祁钰的亲信太监外，还继续清算之前在奉迎、易储等问题上得罪过他的人，为王振平反，同时重用拥戴他复辟的徐有贞、石亨、曹吉祥等人。
不久后，这些夺门功臣就互相倾轧。
先是徐有贞裁抑曹吉祥、石亨等的贪横，曹吉祥让小宦官偷听朱祁镇和徐有贞的秘密谈话，接着自己又在朱祁镇面前提到这些话，并称是从徐有贞那里听来的，从而动摇朱祁镇对徐有贞的信任。
其后御史利用天象示警来弹劾奸佞曹吉祥、石亨，两人向朱祁镇哭诉，称弹劾他们的御史张鹏系朱祁钰亲信太监张永之侄，暗示此为朱祁钰余党反攻倒算，朱祁镇便决定惩治这些言官，进而牵涉到其幕后主使是徐有贞及另一阁臣李贤，两人便被排挤出朝，时为天顺元年（1457年）六月。
不过，朱祁镇并非不知曹、石的跋扈，又在不久后重新起用李贤，抑制曹、石，于天顺二年（1458年）正月贬斥石亨的党羽兵部尚书陈汝言。
天顺三年（1459年）八月又在锦衣卫指挥使门达和指挥佥事逯杲的协助下惩处了石亨之侄石彪，年底惩处石亨。
天顺四年（1460年）二月，石亨死于狱中，石彪伏诛。
在处置石氏叔侄期间，朱祁镇下令禁用“夺门”字样，曹吉祥感到兔死狐悲，便与其养子曹钦密谋反叛，于天顺五年（1461年）七月初二日发难，被孙镗镇压，曹钦全族死于乱中，曹吉祥亦被凌迟处死。
经过曹石之变，朱祁镇才完全掌握大权。他不仅重用李贤，还起用彭时、吕原、陈文等贤臣辅政，朝政得以恢复到他即位之初的三杨内阁那种良性运转的轨道上。
天顺年间的朱祁镇每天早晨五鼓初就起床，斋洁具服拜天，然后批阅司礼监送来的奏章，再拜谒奉先殿，接着上早朝。
退朝后即至文华殿，与有关大臣访问商议早朝未能断决的政事，然后下裁决。
进膳后又开始批阅章奏易决的即批出，有须仔细考虑定议的就送到内阁，令阁臣参决。然后休息至申时，再次批阅奏章。
政事松闲时，午休后的那段时间则听内政。至晚上即休息。
至于母后处，则是每日一朝，有命则两日一朝，隆冬盛暑五日一朝。
闲暇的日子或是读书，或是观看射箭。
从天顺四年（1460年）七月开始，朱祁镇备受脚气病的折磨，到天顺八年（1464年）正月已病入膏肓。
正月初六日，他命皇太子朱见濡（即朱见深）在文华殿（东宫）处理政务。
正月十六日，朱祁镇召皇太子及司礼监太监牛玉等至病榻前，嘱咐身后事。
除了提及孝养钱皇后以及合葬外，还下令废除嫔妃殉葬的祖制。
翌日，朱祁镇驾崩，享年三十八岁，谥号法天立道仁明诚敬昭文宪武至德广孝睿皇帝，庙号英宗，葬于裕陵。
朱祁镇第一次在位时（正统年间），起初由三杨主导的内阁及勋贵张辅等辅政，朱祁镇则起用宦官王振掌司礼监来加以制衡。
王振教朱祁镇以重典御下，防大臣欺蔽，于是朱祁镇大肆贬斥、逮系、杖责、荷校朝中勋贵大臣，最终在正统后半期形成了王振专权的局面，开启有明一代宦官专擅国政之先河。
不仅如此，朱祁镇还坚持镇守太监制度，并在正统十三年（1448年）命曹吉祥、王瑾监督神机营火器，使宦官取得监枪特权。
翌年又命太监金英同三法司堂上官会审重囚，又让宦官干预司法。
总之，自正统以后，明朝的权力结构出现重要变化，经过永乐到宣德年间酝酿的宦官政治正式形成，尤其是司礼监稳定地保持了对朝政的影响力，从而为某些特殊时刻“专权”宦官的出现提供了温床。
朱祁镇第二次在位期间（天顺年间），起初依靠徐有贞、石亨、曹吉祥等夺门功臣，不过徐有贞很快受到排挤，接着又是石亨失势，曹吉祥孤注一掷，发动政变，结果朱祁镇镇压。
朱祁镇又重用李贤为首的阁臣，并正式确立了内阁首辅之职，从此内阁政治出现不断发展的势头，由此奠定了宦权与阁权之间彼此制约的格局。
朱祁镇复辟后，在缺乏王振这种心腹辅佐的情况下，担心朝臣结党营私，便倚锦衣卫为耳目，主要有门达和逯杲二人。
门达相对宽和，而逯杲办事更加严厉，石亨、石彪叔侄的罪状就是由逯杲查出。
他自遣校尉侦视四方秘事，送门达镇抚司处锻炼成狱。
校尉所至，总兵、镇守、巡抚、巡按、三司和府州县官无不畏恐，虽贵为亲藩也在所不免，不得不大量行贿以图免罪。
天顺四年（1460年），各地官员到京师朝觐，朱祁镇欲借此整饬吏治，逯杲、门达便顺承旨意，对朝觐官员深入访察，于是大半的官员都获罪受处分。
翌年，逯杲死于曹钦之乱，门达得势，效法逯杲，派锦衣卫旗校于各地，于是告讦者日盛，臣民皆谨小慎微。
朱祁镇严察臣下，缉事校尉则是无所不至，以致镇抚司的现有监狱人满为患。
门达遂奏请在城西武邑库隙地增盖狱房。
不过鉴于逯杲得罪武官被杀的教训，门达不纠察武官，而专门针对文官，文官稍微犯事，如被侦知，即遭重惩，连重臣李贤及朱祁镇的恩人袁彬都曾被门达的诬告。
天顺七年（1463年）九月，朝野对锦衣卫作威作福的不满到达极点，门达在自承管束不严之罪，朱祁镇赦免了他。
朱祁镇的祖父明仁宗曾试图还都南京，因此将南京诸衙门定为中央机构，北京诸衙门皆冠以行在二字，寓意北京只是皇帝临时所在的地方，迟早要迁回南京。
不过他还没来得及回到南京就去世了，宣宗却并未改变这种做法。
直到正统六年（1441年）八月十三日，宁波知府郑珞上疏请将北京由行在升为京师，虽然被礼部尚书胡濙以不可轻改太宗（朱棣）所定为由否决 。
但到了十一月初一日，朱祁镇正式下令去掉北京诸衙门的行在二字，南京诸衙门一律加上南京二字，正式确立了北京为京师、南京为陪都的地位。
天顺二年（1458年），朱祁镇规定每年霜降后，三法司同众官会审重囚，由此确立了朝审制度。
天顺年间，朱祁镇在皇室内部做了一些被称为“善政”的事。
天顺元年（1457年）十月二十六日，他下令释放了被拘禁五十余年的“建庶人”朱文圭（建文帝幼子），让他居住在凤阳，每月提供廪饩。
在生母孙太后死后，他恢复了被无故废黜的父亲原配胡善祥的皇后位号。
临终前又废除嫔妃殉葬的祖制 ，这些举动被后世评为“盛德之事，可法后世”。
朱祁镇在位时，因失去土地而流离失所的流民成为明朝一大社会痼疾。
朱祁镇登极诏就要求流民复业，蠲免亏欠税粮，免其差徭二年，已啸聚山林者赦免其罪，同时禁止隐占人口田地。
这表明明廷对流民采取了缓和的政策。
正统六年（1441年），朱祁镇大赦天下，其中对流民则作了更大的让步。
除赦免并免拖欠钱粮外，更延长免除杂泛差役期为三年，同时规定“私借债负”亦可在复业三年之后“酬还原本，不许加利”，对“离乡年久，产业已成”不愿回乡的流民，允许在所在地报官附籍，而且有权分得当地的撂荒田地。
天顺年间，他对流民依然以“抚”为主，并没有像成化年间那样采取强硬的驱逐、押解、勒令返籍的对策，因此社会矛盾不致激化。
朱祁镇在位时，逐渐确立了明代军事体制中“以文制武”的原则，出征、边防等军务的主导权均逐渐从武臣转移到文臣。
正统二年（1437年）正月，鉴于鞑靼阿台汗屡次骚扰甘肃，朱祁镇派文臣王骥处理甘肃边务，抵御鞑靼。
有人认为此事应由总兵官（武臣）负责，朱祁镇不听。
正统五年（1440年）十一月，议出兵麓川，张辅等建议仍沿用武臣挂帅、文臣参赞的祖制，但朱祁镇最后还是以王骥总督军务。
王骥由此成为明代第一位正式受命专征、全权负责的文臣。
正统七年（1442年）十一月，因辽东边备废弛导致蒙古、女真侵犯，朱祁镇命王翱提督辽东军务。
正统八年（1443年）九月，朱祁镇命监察御史李纯巡抚辽东，专门整理屯田之事。
天顺二年（1458年），升陕西布政司左布政使芮钊、山西布政司右布政使陈翌、山东布政司右布政使王宇为都察院右副都御史，分别巡抚甘肃、宁夏、宣府。
至此，朱祁镇之前仅限于内地的巡抚制度也推广到边地，并成为定制。