景炎二十三(公元1297年)刚新政一年的赵昺就遇到了一个棘手的问题，东宋婆罗洲行省总督造反了，由于东宋朝廷远离的原故，导致婆罗洲总督心生反意，但好在他手中没什么像样的军队，最后被东宋朝廷出兵镇压。
这次造反事件之所以轻易镇压，多亏了之前赵昺对地方军事的改革，避免了地方总督过多的掌握兵权。
但这也不是什么长久之计，为了解决此事，他将赵启璋召回来，共同商议此事。
因为之前赵启璋将自己组建的情报组织，献给了赵昺，所以让赵昺对赵启璋很是倚重。
“对于此事你可有什么办法？”赵昺看着赵启璋问道。
“陛下，如果想要制约将领，只有两种办法。”赵启璋思考后说道。
“哪两种？”赵昺追问道。
“其一就是历史上各朝用过的派督军制约将领。”赵启璋开口说道。
“这个不行，督军会影响将领，对战事不利，另一种呢？”赵昺对此方法一口否决，他可不能走前朝老路。
“第二种，是臣在从军时想到的，就是可以向军队士兵们传输忠君爱国的思想，从而让他们在将领造反时会思考是否要跟从。”赵启璋说道。
“这个不错，给我详细讲讲。”赵昺对此发来了兴趣。
于是两人就在宫中商谈了一天一夜，最终制定了一份详细的改革方案。
之后赵昺就根据他们制定的方法，开始对军队的改革。
首先在中央组建中央禁军，禁军由十队共一万人组成，来源通过在各行省举办武举，此武举只通过武举力来选拔，和科举的武举分开，另称为“武比”。
武比不分中原移民还是土人都可参加，只要通过就可以在中央禁军中任职，如果在军中混个一官半职，之后也可以下到地方当一些官职，待遇是所有军队里最高的。
然后地方依旧延续之前的军政分离方法，但是要在军队中从一百人中增加一个随军主薄的职务，这是一个独立的机构，主薄平时不光要负责记录军中会议的情况和编写行军日志外，还需要每晚在军队训练后，到营中和士兵交谈，安抚情绪。
然后最主要的是教导他们忠君爱国的思想，而不是单纯的忠于带兵将军，但是打仗的时候，随军主簿不得干预将领的作战方案。
而随军主簿的来源，则由受过教育的老兵担任，在东宋开设军事学校，教一些有一定资历，而又忠君爱国的老兵读书写字，完成学习任务者，可以获得赏银，激发他们学习的积极性。
有了随军主簿的存在，远征将领想要起兵反叛，或倒戈投降时，就多了一道保险丝，因为士兵不再是完全听命于自己了，效忠自己的基础是效忠国家。
随着军事改革，中央对地方以及军队有了较强的控制，各地也开始建立起了军事学校，以此培训随军主簿。
景炎二十四年(公元1298年)在东宋蓬莱一处场地，随着一声声“嘭嘭嘭”的响声，东宋工匠改造突火枪，而研发的火炮和火门枪就此诞生。
赵昺看着这些威力巨大的火器，非常高兴，下令工部抓紧制造和继续研发。
经过一年多的制造，东宋工部制作的一百多门火炮，被分别列装给了海军和陆军，海军方面，经过改造东宋工人将火炮与战船相连，使得战船从今以后有了更强的远程攻击方式。
而陆军方面，火炮被赵昺优先列装给了禁军，单独组建了一个火器队，用以加强军队的实力。
东宋的军队在列装火器后，更加强大，对蓬莱南部的探索和推进越发的迅速。
但是随着对蓬莱大陆的开发，东宋朝廷越觉得蓬莱是如此的巨大，根本不是东宋现在这些人口可以全部开发的。
于是乎为了增加人口，东宋开始从倭国，越南等地大量迁置人口到蓬莱，让这些人去开发蓬莱大陆。
景炎二十六年(公元1300年)东宋海外探索船队在蓬莱大陆东南方发现了一个大岛，探索将其命名为“新琉球”(今新西兰)，之后探索船队继续向南，而南方却如北极一样越来越冷，最后冷到根本不能前进，后面探索队干脆将南方定为极寒之地，不可前往。
但当探索队将这种现象告诉朝廷时，有一些人却思考起来，为什么南方和北方一样越来越冷呢？但又为什么中间却很热，他们开始思考并研究起来。
景炎二十七年(公元1301年)赵昺为了促进军队的战斗力，决定恢复秦汉实行的“军功授爵制”，在战场上立功的东宋人，可以获得钱财赏赐，封地，奴隶等等，具体标准参考先秦二十级军公爵制。
当赵昺宣布此项决定后，朝廷中有些大臣立刻站出来反对道:“陛下不可啊，那先秦公爵不合礼数，在说我大宋太祖曾定下国规不可太过重用军事啊！”
赵昺听到他这样说，都被气笑了，当即用北宋灭亡，元攻南宋的事情来说道，最后那些大臣被怼到无话可说。
最后依旧按照赵昺的想法实行，在这之后赵昺认识到之前儒家那套方法对于现在的东宋来说，很不适用，必须想办法改变，但又不能操之过急，便先放下，去处理对香料群岛的管理之事。
之前东宋在香料群岛设立香料群岛行省，但随着対香料群岛不断的开发，总督控制的范围逐渐扩大，当地的总督上报朝廷说:行省面积太大，太分散，不利于管理，请求陛下可以减少一点管理范围。
赵昺在看到香料群岛的面积后，也认为确实比较大，于是将香料群岛一分为二，西面依旧称香料群岛行省，东面改称为巴布亚行省，重新任命总督进行管理。
赵昺由于见识火器威力的原因，逐渐重视起科技研发的重要性，他在蓬莱设立国家工艺学院，将一些民间的工匠等，请来学院，鼓励他们教授手艺，并且大力支持科学研发，并下令如果有了新的发明，朝廷将大大的嘉奖。
之后有一位老师傅钻研出了一套能一刀切掉所有鱼杂的方法，得到东宋朝廷大力推广，大大的促进了东宋捕鱼业的发展，鱼干的产量也大量提高。
后来的东宋便是依靠此学院，大量的促进了东宋科技的研发，并对东宋之后的发展有很大影响。