安庆陷落后，陈玉成开始失去了理性，昏招迭出。起初，陈玉成打算挺进湖北机动作战，夺取荆州、襄阳，威胁湘军大后方，然而因部分将士不愿意远征，他只好作罢，“连夜扯队下庐州”，跑去皖北庐州孤城。后洪秀全日益昏聩，任用贪婪无能之辈洪仁发、洪仁达两人，罢免洪仁玕，对陈玉成革职问责，导致陈玉成犯了糊涂，想到魏宣武处发展，借魏宣武的地盘和兵马重整旗鼓。当马融和、张乐行、苗沛霖等十余万大军猛攻颍州，清将胜保南下督师，连遭败绩，双方呈相持状态。此时，陈玉成便派出陈得才、赖文光、梁成富、蓝成春等四大将进兵河南、陕西招兵集粮，对此，魏宣武还是老办法，划地给太平军屯营，粮、盐等物资市价公平购买，只能招兵，不得强征。曾国藩此时决定肃清安徽，派多隆阿马队解决陈玉成兵团，与严树森部合围庐州。1862年，张乐行的捻军与太平军陈玉成部联合围攻颍州（今阜阳），久攻不克 ，损兵折将，捻军遂与太平军分手，各奔前程。 张乐行率部回到亳州雏河集，陈玉成则南下寿州投奔苗沛霖。1862年5月陈玉成被投降清军的奏王苗沛霖欺骗，撤往寿州后被擒获。1862年6月4日，在押送至京师的途中，在延津刑场，胜保怀里搂着陈玉成的小妾，当着她的面，将陈玉成凌迟处死，死时年仅26岁。陈玉成死后，洪秀全大肆封王，封了二千多个王，魏宣武也受封锐王。魏宣武受封后就在河南开封府建立锐王府，以王茂林为王府长史，贾道远为王府主教，张云顶为王府参军，大山为王府总管，解韬为天探司总司，程兴甲为护卫司总司，顾嘉蘅为政务司总司，王文德为财务司总司，王义刚为人事司总司，李三为刑务司总司，杨顶天为税务司总司，张晓兵为农牧司总司，宗熙为水务司总司，章付全为商务司总司，覃勇为工矿司总司，魏宣文为监察司总司，魏华为教育司总司，傅兰雅为外交司总司、袁甲三为兵务司总司。宗熙年仅十五岁，是留洋归国的水利学高材生，袁甲三家眷都被天道教徒想法接到了开封，袁甲三在看到天道教治下的军政强大后也入了天道教，于1862年1月投降了太平天国，现经教导营学习后出任锐王府兵务司。王府直辖炮兵衙门，辛向文任总监；直属医务衙门，谢仲道任总监。
1862年1月7日，李秀成正式向上海、松江进军，兵分五路，李秀成还向上海、松江人民，清朝兵勇以及在上海的外国人发出谆谕，要求他们“各宜去逆归顺，同沐天恩，毋得自取灭亡之事”。李秀成督令谭绍光、郜永宽、李容发等部，分为西、南、北三路向上海第二次进军。1月10日，太平军兵临上海。11日，太平军出现在离租界仅有八九英里的吴淞，1862年2月起，清李鸿章部淮军、英法联军、华尔的洋枪队常胜军和太平军展开激战，历经高桥之战、太仓之战、奉贤南桥之战、松江府之战，双方都伤亡惨重，法国司令卜罗德、太平军将领吉庆元阵亡。忠王李秀成接到天王洪秀全的密诏，说天京受到湘军围攻而处于危险之中，急令李秀成立刻回天京救援。6月22日，忠王李秀成将嘉定、青浦、太仓等处防务交由慕王谭绍光负责，自率大队人马撤离上海。8月4日，淮军首领李鸿章，此时已经升任江苏巡抚，下令淮军及华尔的常胜军会攻青浦。8月10日，攻下青浦城，太平军兵伤亡甚众，兵败如山倒，狼狈逃离。当日，慕王谭绍光等亲率20，000余人反攻青浦县城，结果还是惨败。至此，太平军第二次进攻上海宣告失败。
1862年3月，“曾老九”曾国荃带队离开安庆东下，攻打天京的序幕拉开，江淮流域大批重地，诸如当涂、芜湖、板桥、秣陵关等接连被湘军攻破，5月30日，湘军水军彭玉麟部进泊金陵护城河口，而陆军更是由曾国荃亲自带领，行军到了天京城郊外的雨花台。太平天国当局惊讶于湘军的神速，火速令正在江南战场苦战的忠王李秀成率军支援，而天京城外的形势越发不利，7月11日，西南战场，宁国府丢失，而从安徽南部赶来支援的杨辅清，洪仁轩部根本不是湘军对手，都被击退，洪秀全无奈之下，一再令李秀成速速支援，君命难违，9月14日，无奈之下的李秀成带领堂弟侍王李世贤（浙江战争太平军总负责人）、护王陈坤书等共十三王，统帅太平天国精锐所部大军30万，号称60万离开苏州西上，回师雨花台，战略意图是打破湘军围困。10月13日，天京保卫战的前哨战，雨花台大战打响了！14日，李秀成大军联合天京城内的太平军发起了规模巨大的阵地攻坚战，太平军主力十余万人（中路援军陈坤书部需要攻击芜湖以切断湘军粮道，下路援军杨辅清部则需要攻击宁国以牵制湘军支援）猛攻湘军，战斗异常激烈，在东至方山，西到板桥镇的约五六十里的阵地上，太平军日夜猛攻，占据绝对劣势的湘军难以招架，曾国荃自己的面部都中了枪弹，几乎丧命，在安庆遥控指挥的曾国藩也冷汗直冒，说“警报纷来，如在惊涛骇浪之中”……然而，令人大跌眼镜的是，湘军竟然顶住了！湘军甚至还打出了反击，在西部突破太平军四座营垒，太平军苦攻6天愣是没打出什么大的成果，一直打到11月3日，李秀成实在无奈，放弃了全面进攻的战略，转向专打雨花台南部的曾国荃指挥所，并用火药轰塌了湘军两座营墙，方才有了些进展，后续太平军蜂拥而入，战事到了短兵相接的地步。然而，湘军又顶住了，太平军往返冲杀五六次，排炮排枪，挖地道什么手段都用上了，却愣是打不进去，反而是伤亡重大，11月4日开始，太平军攻势顿挫。然而之后小规模战事仍然在继续，太平军再打了20多天愣是打不赢，11月26日，李秀成苦战46日后终不得进展，加之时近寒冬，棉衣不继，只能撤军。援助天京的战略彻底失败，十余万太平军精锐硬扛三万湘军疲敝之师，竟无法得胜。
太平天国锐王魏宣武看到这一切，预感洪秀全大势已去，便抓紧训练部队，囤积物资，准备迎接清军的进攻。