1871年，各地游兵散勇到处都是，土匪猖獗，不甘失去土地及特权的地主恶霸勾结兵痞流氓四处组织武装，拥清遗臣割据一些小山村,打劫太平天国后勤部队，积蓄力量，企图伺机而起恢复满清。江山各地哥老会、东北家礼教等也都盛行一时，这些原太平军的盟友不愿安分守己地做顺民，时时干些私设公堂、贩卖私盐、偷挖矿藏，武装劫掠的事。太平军虽已基本占领全国中心城市，但在偏远郊县、乡村，还时不时发生土匪袭击杀害太平天国基层工作队的事件。1871年1月，清廷遗臣大太监安德海就勾结已降太平军的时任卫戍师护卫卒第二营官的原清将叶志超，拉拢两个队长，联络在京其他忠于清室军政人员，欲借会议之时杀害该营布教及其他太平军骨干人员，然后偷偷救出两宫太后与同治帝，逃到到东北号召满人复国，被部下告发，安德海、叶志超在会议间发动时反被捕获，结果安德海、叶志超等一批人被处死。1871年2月，解韬又破获了满清遗臣额图买通厨师投毒暗杀魏宣武未遂案件，额图等五人被处死。1871年3月原清察哈尔都统杜嘎尔趁太平军京师兵力空虚，勾结获得山东、两广地主支持已在山东起兵的原清镇定镇总兵潘万才，欲集结马队三千人、步兵五营依靠内应袭夺京师，拥立同治帝之弟光。后被解韬抓获内应，获悉杜嘎尔计划，魏宣武迅速组织兵力歼灭了杜嘎尔的察哈尔马队，又镇压了潘万才叛乱，擒获处死了潘万才。1871年4月，魏宣武令各地以教导旅为骨干，以天道教为依托，以野战师为援应，迅速组织建立地方部队，镇压各地地主武装叛乱、剿灭土匪，至1871年9月，各地叛乱被全部镇压，土匪被全部剿灭，新生政权得以巩固。
日本首先承认太平天国，中日双方于1871年6月签订了《中日修好条规》，日本拥有了与中国对等的地位，摆脱了历史上“属国”、“朝贡国”的阴影，日本又要求太平天国与其签定《通商章程》，魏宣武让傅兰雅与其慢慢商谈。魏宣武认识到商业对中华的重要性，成立了中华总商会，胡雪岩任首任会长，成立公私合营的中华轮船总公司，盛宣怀入股百分之二十，任总经理。
1870年，华北、甘肃静宁一带大旱，1871年夏秋直隶一带发生百年罕见水灾，1871年，漳河泛溢，临漳被淹者九十余村，黄河在山东郓城决口，灾情空前严重，都江堰年久失修，破坏了灌区的农业和民生，1871年，金州南部地区水灾严重，颗粒不收，中华面临一系列一系列天灾。1871年6月，魏宣武在天王府与曾国藩进行了长谈，曾国藩写下了万言忏悔录，出任太平天国赈灾救济会理事长和民政部防灾减灾署长，投入一百万元天道银、粮食五百万斤、盐一万斤、布五万匹、棉十万斤救灾。魏宣武又给曾国藩拨了大批器材物资、聘请大量民工疏浚河道、加固增高增厚河道堤坝，又令宗熙加紧扩大、新修各地水库，至1871年12月，全国新建水库二千个、扩建原有水库五千个，并维修了川内灌渠都江堰。
容闳是中国近代史第一个留学美国的学生，生于1828年。容闳一生都在为中国的工业化而奔赴，我国第一个现代机器厂的上海江南机器制造总局的建立，其中就有容闳的贡献。容闳经历四方，他认为中国要强大，必须要向先进国家学习。美国在当时的国势蒸蒸日上，容闳认为清朝应该派幼年学生去美国留学，师其长技。1871年的8月，太平天国任命容闳的努力下为教育部幼童出洋事务署长。早在1868年，容闳就有了这个计划，四年中每年向美国派30名学生。这个计划在1870年得到了清廷的批准，1871年，太平天国成立，就职后的容闳在上海招了很多学生，但由于太平天国新立，诸事繁多，与美国尚未建交，直到1872年8月，一批学生才在熟悉美国的容闳的率领下，漂洋过海，历经风雨雷电的洗礼，才泛海到了美国。在这些学生中，有一个人的名字你一定熟悉，他叫詹天佑，中国铁路之父。容闳招的这批学生，都是贫寒家庭子弟，甚至都没有完全招满员。在当时的社会条件下，很多家庭把赴美留学看成了去美国当“猪仔”，没有好前途。人数实在凑不够，容闳跑到英国治下的香港寻找愿意送孩子留洋的家长，还劝说自己的广东亲戚送孩子留学。容闳的这次开国门以迎新风之举，为相对封闭保守两千多年的旧中国，推开了一扇向西方先进国家学习的窗口。
1871年1月开始，魏宣武在全国执行太平天国土地政策的同时，要求全国各地大建村、乡、县、府、省各级公粮库及屯粮库，全国设圣粮仓七座，分布于北京、开封、苏州、沈阳、成都、南宁、昆明，就近收存各省公、屯粮库上缴粮草。1871年6月，魏宣武又发布禁武令和放足令，禁止民间私藏武器、禁止妇女缠足。乱平、粮足则国安，民智则国强，经过此一系列举措夯实国本，太平天国统一中华后彻底稳固起来。