十月二十日，朱由校下旨：革除山东都司下属各卫所。
东昌卫、平山卫、临清卫、及东昌府各地千户所、百户所整编为“东昌卫”；
济南卫、德州卫、德州左卫及济南府各地千户所、百户所整编为“济南卫”；
青州左卫、安东卫及青州府各地千户所、百户所整编为“青州卫”；
兖州护卫、任城卫、济宁卫、沂州卫及兖州府各地千户所、百户所整编为“兖州卫”；
莱州卫、灵山卫、鳌山卫、登州卫、威海卫、成山卫、靖海卫、大嵩卫及莱州府、登州府各地千户所、百户所整编为“登莱军”，设立“登莱军指挥使司”。
由于兖州府和青州府各卫所早就被卢象升调到了河南归德府整训备战参与围剿义军，所以兖州卫和青州卫的整编直接交由卢象升在归德府就地进行，成为山东都司最早完成整编，并形成战斗力的两卫。
早在袁可立成为山东总督时，为了管理好登莱两府，不断支援东江镇，袁可立就整顿过登莱各卫所，强化了莱州卫和登州卫的战备和纪律；
后来卢象升代理山东军务，大力加强了军务训练、兵器甲胄的修理补充；
张允登和张光奎主持军务时，又清除了卫所中的老弱病残和大量吃空饷的关系户；
到袁枢巡抚登莱时，招募补充了大量新兵加强训练。
可以说，登莱两府的卫所是除边军外，朝廷在地方上掌控力度最大、即战力最强的队伍了。
由于准备充分，执行力强，政令执行到位，登莱军迅速整编成左、中、右三军。
十月三十日，朱由校任命曹文诏为登莱军指挥使，曹变蛟为参将，率登莱军赶赴河南参与围剿。
十一月二日，朱由校收到登莱巡抚袁枢的奏折。
袁枢奏报：
山东登莱船务工程，目前胶州湾一期工程第一批四家造船厂、十二座船坞已基本建成，月底之前就可以投入生产建造战船；
第二批的六家造船厂、十八座船坞预计明年开春后可以建成；
鳌山卫和威海卫的二期工程已完成了道路桥梁等基础设施建设，但由于冬季海水封冻无法施工，预计要等到开春海水化开后才可以开建。
十一月四日，朱由校下旨：
迁南居益为右副都御史，巡抚浙江并提督浙江军务；任命朱钦相为浙江巡视海道宁绍兵备参政；任命朱一冯为分巡台绍道兵备副使；
起熊明遇为右佥都御史，巡抚福建并提督军务；任命王瑞栴为福建都司都指挥使，都督福建陆上戎务；任命熊文灿为福建总兵官，提督福建水师。
山东兖州府巨野县，一个煤矿场。
郝三，因在家中兄弟排第三，故单名一个“三”，陕西延安府人。早年陕北大旱，遍地饥荒，郝三家人多受灾而死，为求生路而随李自成起事，一路南征北战。因其骁悍无畏，常手执大旗在阵前呐喊助威，又身先士卒屡立战功，故义军士兵多称其“郝摇旗”。
此时，数千义军俘虏正在矿场中挖凿，郝摇旗也身在其中。
当日归德府一战，兵败被俘，郝摇旗身为义军先锋大将，自以为必死无疑，却不料经过简单的审讯后就被押解到山东地界做苦役。
在这矿场中虽然辛苦，但负责监视的官差却给他们发过冬的棉衣，每天能吃一顿饱饭，隔几天还能吃一顿肉粥。郝摇旗还多次听到官差称他们为“劳改犯”，而不是“死刑犯”、“叛贼”一类必死的称号。
每天刚蒙蒙亮，官差就会敲响一个铁钟把他们喊醒，驱赶他们去挖煤挖矿。
一开始这些义军俘虏以为必死，大多不愿意配合。结果正午的时候伙夫送来热腾腾的米饭馒头和大盆菜。官差持刀把干活和不干活的人分开，干活的少数俘虏结结实实吃了一顿饱饭，那些没干活的只能看着官差手中明晃晃的刀干咽口水。
午后开工那些又冷又饿的俘虏马上一窝蜂地涌上去卖力干活。
郝摇旗自持身份和几十名老部下坚持不干活，晚饭的时候想趁乱混入人群中蹭吃，却被官差一顿棍棒打趴下。
官差趾高气扬说道：“干活吃饭！他们有饭吃是他们挖矿劳作得来的，你们没干活有什么资格吃饭？”
郝摇旗怒目圆睁，但怕挨棍棒也没敢顶嘴。
官差道：“想吃饭可以，你问问他们干活的人答不答应！”
郝摇旗看向那些吃饭的人，一个个自顾自狼吞虎咽着，压根没人愿意正眼看一下他们。
于是，郝摇旗和几十号老部下又冷又饿地过了一夜。
第二天一早钟声响起，郝摇旗一睁眼就发现身边的几十名老部下早已不知所踪。他也顾不得那么多，一溜烟就跑出了窝棚，只见那些老部下全都加入了挖煤大军中去了。
郝摇旗一脸呆愣，只有前方一名官差一脸嘲笑地对他说：“想吃饭就干活去！想当饿死鬼你可以回去继续睡觉！”
过了好一会儿，郝摇旗摇头叹息了一声，也加入到劳作中去。
在矿场劳作了一个月后，一天中午吃饭时竟然每人分到了一碗肉、一碗热汤，而且白饭管够，可以吃到撑。
这顿饭众人吃得兴高采烈，许多人这么多年从未吃过这么满足的一顿饭食。
吃完后好一段时间都没有驱赶他们去干活。郝摇旗心里暗暗嘀咕：“这怕不是断头饭吧？”
官差们把众人全部驱赶到一片开阔地中。前排官差持棍维持秩序，后排官差持刀围布在四周，高处的了望台有弓弩手观望四下。
过了许久，官差们让开一条道，一队身着飞鱼服的锦衣卫鱼贯而入排列两侧，迎出一名身着花带环绶、锦鸡绯袍的官员。
官员手持圣旨，上前道：“本官乃山东都司都指挥使杨所修。皇上有旨，尔等作乱犯上、屠戮朝廷命官、抢劫官仓，罪大恶极，按律当斩！”
话音未落，人群中一阵骚动。郝摇旗浑身一僵，身边的老部下低声说着：“郝爷，狗皇帝要对咱下手了，横竖是死，带着弟兄们杀出去搏条生路吧！”
身边的老兄弟纷纷劝说着，郝摇旗心中也是天人交战、反复摇摆，正胡思乱想时无意间瞥了一眼杨所修，只见其嘴角隐隐间有笑意，眼神更是有几分玩味。
郝摇旗心中大定，对身边人道：“都不许轻举妄动，要死别带上老子！”