小智一行人又经过漫长跋涉后，终于来到了大傻谷。
看着许多人拿着铲子，镐头一类的东西一起向前走去，小霞非常好奇地问：“大傻谷到底发生什么事了？这些人去干什么啊？”
小智解释道：“应该是去挖化石吧，在这个地方发现了已经绝种的宝可梦的化石。”
这时，后面传来小茂的声音：“小智，果然是你！你也来挖化石的吗？不行，我现在很忙，赶紧去挖化石。”说完就跑了，生怕会挖不到化石。小智在心中吐槽着小茂：这小茂，行事还是这么风风火火的。
小智吐槽完小茂，对小霞和小刚建议道：“我们也去看看吧。”然后一行人继续前进。
到达大傻谷后，发现这里是人山人海，大家都在忙着挖化石。小茂挖到了，就去拿给专门研究化石的人员去鉴定，没想到结果居然是宝可梦粪便化石。见状，小智捂着脸有些哭笑不得。小茂则没脸继续呆在这里了，直接走了。
就在小茂走了后，小智听到了火箭队喵喵的声音：“喵！不知道武藏和小次郎他们顺利不？”小智一行人立刻转过头去看到了喵喵站在旁边的山谷边上。喵喵还在自言自语：“以武藏和小次郎过去的记录，不知道可不可以依靠啊？喵！”完全没有发现小智一行人。
这时，武藏和小次郎突然从一块岩石后面出现，并且念着火箭队的经典登场台词。不过，喵喵这次听不下去了，直接打断了武藏和小次郎，并且问他们炸弹安装好了没有。
武藏脾气火爆，哪受得了这气，立刻发威，直接一巴掌拍飞喵喵，说道：“干啥，炸弹当然早就装好了。”随后，小次郎也无所谓地说道：“就是，只要将这一带的岩层炸掉，隐藏的宝可梦化石一定可以得到的。”
小霞听了火箭队的对话，既惊讶又气愤地说道：“炸弹？他们想用炸药炸毁大傻谷。”小刚则想到那些在下面挖化石的人们，担忧地说道：“真要这么干的话，下面的人就危险了。”小智这时也说道：“我们必须去阻止他们。”说完，和皮卡丘一起立刻向火箭队跑去，小霞和小刚也只好跟在后面。
小智一行人赶到的时候，发现喵喵已经点燃了导火线，而且已经烧得很远了。小智看到导火线后，二话不说向前追去。小霞和小刚紧随其后。
武藏看到小智一行人要去灭导火线，立刻拉着小次郎和喵喵追了上来。最终还是没追上导火线，而炸弹也爆炸了。不过，火箭队三人组还是有分寸的，这个炸弹的威力不是很大，仅仅只是使地面裂开了一个大缝。小智一行人和火箭队三人组都落了下去。
小刚拿出超音蝠：“超音蝠，拜托你了。”小智也派出比比鸟和超音蝠：“比比鸟，你去帮小霞，超音蝠，就拜托你了。”比比鸟抓住了小霞。三人在宝可梦们的帮助下安全着陆了。
着陆后，小智和小刚收回了自己的宝可梦。小霞看着黑漆漆的四周，有些害怕地问道：“这里哪里啊？”喵喵猜测道：“这里应该是大傻谷的地下洞窟。刚才的爆炸在上面开了一个大洞，我们都是从上面掉下来的喵。”武藏一听这话，瞬间倒打一耙，很气愤地对小智一行人说道：“你说什么？臭小鬼，都是你们害的。”小次郎也附和道：“对，就是因为你们来妨碍我们，事情才会变成这个样子的。”
小智在一旁默默地凝聚着波导弹，准备给火箭队三人组一个教训。而小霞则直接骂了回去：“你们说什么？归根结底，还是因为你们不应该设置炸弹。”小智放弃教训火箭队了，因为他发现四周全是化石宝可梦，派出了火恐龙：“火恐龙，就决定是你了。”火恐龙一出现，就因为尾巴的火焰而使四周明亮起来，并且出现了许多红色的光点，看着这么红光点，小霞害怕地叫了起来：“啊！那些是什么啊？”
小智则是兴奋地解释道：“是菊石兽，多刺菊石兽，化石盔，镰刀盔啊！据说这些都是几万年前就已经绝种的宝可梦。”武藏和小次郎听到小智的话，非常高兴地说道：“太棒了，我们将要成为幸存的古代宝可梦的发现者了。”他们已经开始幻想以后的美好生活了。
这时，小霞发现了问题，猜测道：“可是，它们的状态好像不是很好，眼中都充满了血丝。难道是因为我们吵醒了它们？”同时，害怕地躲在小智的身后。毕竟，古代宝可梦可是会吃人的。小智放出了胖丁：“胖丁，就决定是你了，使用唱歌！”胖丁一出场，听到是要唱歌，十分开心，立刻就使用了唱歌的技能。
之后，火箭队三人组和古代宝可梦们纷纷睡了过去，由于小智一行人纷纷拿出早已准备好的耳塞戴上，避免了睡过去。小智看了看这些古代宝可梦们，拿出精灵球，收服了化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽各一只，问道：“小霞，小刚，你们要收服吗？这些都是水系和岩石系的宝可梦。”随后，小霞也收服了一只化石盔和一只菊石兽。小刚则摇了下头，表示不想收服这些宝可梦，所以就没有收服一只宝可梦。
因为上面已经被封了，在看到小霞整理好后，小智说道：“上面没路了，我们继续往前走，看看有没有路吧。”其实小智是有目的的。小霞和小刚也没有其它办法，只好说道：“也只好这样了。”
小智一行人不知不觉走到了一块巨石前，看到巨石上面有一只宝可梦，小刚不知道是什么宝可梦，便问道：“那是什么宝可梦？”看到化石翼龙，小智就知道这次的目的已经达到了，激动地介绍道：“那是远古天空的王者——化石翼龙！我的目标就是它！上吧，火恐龙，使出火焰漩涡！”由于化石翼龙在沉睡，火焰漩涡一下就命中了，也惊醒了化石翼龙，开始反击火恐龙，但由于火恐龙没有翅膀，不会飞，一直处于被动局面。
小智见状，立刻指挥道：“火恐龙，不要认输啊！使用喷射火焰。”看着朝自己飞过来的化石翼龙，火恐龙喷出火焰，不过，被化石翼龙避开了，火恐龙气得身体发出白光，进化成喷火龙了。
小智看到喷火龙后，立马兴奋起来，这可是原剧情中小智的王牌宝可梦啊！小智对喷火龙说道：“太好了，喷火龙，使出龙之怒！”喷火龙追上化石翼龙后，一个近距离地用出了龙之怒，化石翼龙被攻击后非常生气，一个猛撞朝喷火龙攻了过来。在化石翼龙快要撞到喷火龙的时候，小智抓住机会下令道：“喷火龙，抓住它，使出地球上投。”然后就看到喷火龙虽然受到了来自化石翼龙的冲击力，但也抓住了化石翼龙，并使出地球上投，令化石翼龙失去战斗能力。
小智扔出精灵球，将化石翼龙成功收服。将胖丁传送到大木博士的研究所。小霞和小刚看到小智成功收服了化石翼龙后，纷纷过来恭喜小智，皮卡丘也高兴地叫着。
事情解决，小智一行人继续寻找着出路，经过探索后，小智一行人发现这里根本没有出路。小霞非常沮丧地说道：“好像没有出路嘞！”小智立刻派出化石翼龙：“既然如此，小霞，小刚，你们让开，化石翼龙，就决定是你了，对上面使用猛撞。”化石翼龙的特性是坚硬脑袋，不会受到技能返伤，猛撞成功撞开了挡沮的石头，然后就带着小智一行人回到了地面，而火箭队三人组则被遗忘在地下。
回到地面的小智迅速收回了化石翼龙，稍微寻找了一下，就发现了一颗波克比的蛋，眼疾手快地将蛋收入背包。
就这样，小智一行人继续着他们的旅行。到了一个没人的地方，小智把波克比的蛋给了小霞，小霞对此很疑惑，小智解释道：“之前，我收服胖丁的时候不是答应过送你一只宝可梦吗？这个波克比的蛋，”随后，一边拿出图鉴翻到波克比的资料给小霞看，一边指了指蛋，说道：“你看，蛋上的纹路，是不是一样啊？”小霞看着波克比的样子，有些不确定的问道：“好可爱啊！真的要送给我吗？”小智笑着说道：“嗯，送给你。”小霞也开心地抱着波克比的蛋向小刚请教孵宝可梦蛋的知识去了。