小智在获得橘子联盟的胜利者杯后，决定在柑橘岛上再休息一晚，明天一早就回真新镇。于是，小智就带着小霞去逛去玩了，小建则留在宝可梦中心整理他的观察资料。
时间来到第二天早上，小智一行人乘着拉普拉斯踏上了归家的旅途。
值得一提的是：小智一行人来到凸橙岛后，发现岛上已经到处都是顽皮雷弹了，小智和小建也都一人收服了一只。小霞没有收服，因为顽皮雷弹不是水系的宝可梦嘛！小智一行人也结识了强哥，于是，在强哥的口中得知开往真新镇的联络船要解决这些顽皮雷弹之后才能出发。于是，小智一行人就帮忙解决这次顽皮雷弹事件。小智一行人也辞别强哥，搭上了去真新镇的联络船。
第二天，小智一行人下了联络船的小智一行人，终于走到了真新镇，小智激动地大声呼喊：“真新镇！我小智回来了！”皮卡丘和波克基古也开心地叫起来。小霞走到波克基古的旁边，说道：“波克基古，你看，是不是很怀念啊？”
小智走到家门口，推开自己家的门：“我回来了！”喵喵和耿鬼，还有魔墙人偶出来对小智打招呼：“欢迎回来，桀！喵！”
小智也和他们打招呼：“喵喵，耿鬼，你们还好吗？”小建看到小智的喵喵和耿鬼都会说话，瞬间产生了很大的兴趣，连忙拉着两只宝可梦去做记录了。
这时，一个情理之中，意料之外的人出现了；他就是——小刚！小刚也跟小智和小霞打起了招呼：“小智，小霞，欢迎回来！”
一见小刚，小霞就问道：“小刚，你怎么会在这里啊？还有，内木博士怎么样了？”小霞终于问到小刚的痛处了，然后就看到小刚毫无元气地躺在地上蜷缩着，嘴里不停地说着：“拜托你不要再提了……不要了……已经没有了啊……要被榨干了啊……”后面的两句只有小智听到了。小智憋着笑意，心想：难怪会这样，原来真相是这样啊。
这时，花子也回来了，见到小智一行人在家里，说道：“你们回来了啊！欢迎回来！”皮卡丘和波克基古立刻就跑到花子的怀抱中，花子也逗着皮卡丘和波克基古玩，小智也迎上去：“我回来了！”花子对小智点了点头，又看向小霞，对于小霞作为自己的儿媳妇，花子是极其满意的。
小智将自己的橘子联盟徽章和胜利者杯拿出来递给花子：“妈，这是我在橘子联盟的奖杯和徽章。”花子接过奖杯和徽章，对小智说道：“好！好！我会放到你的房间里的。”
这时，小建已经迫不及待地要去大木博士研究所了，于是小智，小霞，小刚，小建一行四人跟花子打了声招呼，就向大木博士研究所的方向出发了。
进入大木博士研究所后，小智喊道：“博士，在吗？”大木博士在屋里出来后，看到是小智来了，打了个招呼：“是小智来了呀！”然后就看到了波克基古，问道：“咦？这只是？”小霞解释道：“这是波克基古啊，是波克比的进化型。”
大木博士一副感兴趣的样子：“原来进化后就会飞了啊！你好啊！波克基古！”小建则是非常激动：“大木博士，很高兴能见到你。”大木博士也和小建打了个招呼：“哦！是小建啊！见到你我也很高兴。”之后，小建看到旁边架子上满满当当的精灵球说道：“大木博士收藏的精灵球好多啊！”大木博士说道：“哦？你说这些啊？这些不是我的，是从真新镇出发的训练家们寄放在这里的。”小智看着这些精灵球，发现有赤虹，大木青绿，碧蓝，小黄，花子等人的精灵球。有些疑惑：原剧情中应该没有这些精灵球吧？还有妈妈花子竟然也是一位训练家？
然后，大木博士对小智一行人说道：“好了，我带你们参观后院吧。”说完，就带领小智一行人到后院里，到了后院不久，地面突然震动了起来，小霞立刻问道：“啊？怎么了？地震了吗？”
小建看向远方朝这边飞奔过来的宝可梦们，说道：“是宝可梦！它们正在向这边过来了！”小刚也看向那边，说道：“是小智的宝可梦们啊！”小智也十分高兴，把带在身上的宝可梦放出来了：“大家都出来吧！”随后，就和宝可梦们打招呼：“大家都过得还好吗？”
小建看着小智的这些宝可梦们，说道：“小智的宝可梦好多啊！”随后看向和巨大大比鸟以及巨大钻角犀兽并肩的巨大大岩蛇，说道：“原来小智还有一条这么大的大岩蛇啊！”随后看向小智的化石盔，镰刀盔，菊石兽，多刺菊石兽，化石翼龙，小建直接惊呆了：“那些化石宝可梦都是小智的？”小刚点了点头：“是的！”
随后，小建就拿出笔和画板：“这是宝可梦和训练家之间的友好相处啊，我一定要画下来！”然后就开始画起小智和他的宝可梦们。
大木博士在旁边看着，对小建说道：“你画得相当不错呢！”这时，小建也向大木博士说出自己的请求：“我有些报告，希望博士能看一下，可以吗？”大木博士回复道：“看下你的报告啊？没问题。当然了，你以后可以住在这里哦！”小建一听，激动地问道：“真的吗？大木博士，多谢！”
这时，小霞对小智说道：“对了！小智，我想让我的海刺龙进化成刺龙王，看着你的刺龙王，我觉得好酷啊！”小智也对小霞说道：“那正好，我的钻角犀兽也需要进化。我们去连接交换机那边吧！”说完，就和小霞一起去机器所在的地方。
随后，小智把钻角犀兽叫过来，小霞也将海刺龙从精灵球里放出来。之后，小智给钻角犀兽戴上护具，又给海刺龙戴上龙之鳞片，将两只宝可梦收回精灵球，然后把精灵球放到机器上，连接交换完成，小智和小霞拿着精灵球将宝可梦放出来：“出来吧！”两只宝可梦出来后，就发出进化之光，分别进化成了刺龙王和超甲狂犀。
就在这时，地面突然又开始震动起来，小建不解地问道：“这又是怎么回事？”小刚左手指着窗户说道：“你们快看外面。”然后大家就看到研究所被帐篷包围起来。
“……（火箭队经典登场台词）”又是火箭队三人组登场了。
小智友好地打了个招呼：“火箭队，你们好啊！”小刚感慨地流下了泪水：“哇！太怀念他们的登场台词了！”小次郎和武藏同时说道：“研究所的宝可梦们我们都要带走了。”
“你们想得美！正好，我的宝可梦刚进化，你们和它打一场吧，超甲狂犀，就决定是你了！”小智派出了刚进化的巨大超甲狂犀。
“好，我也参战！蚊香君，可达鸭，我没叫你啊！那你就去吧！”小霞本来想派蚊香君的，可是可达鸭又自己从精灵球中出来了。
“大舌头，你上吧！”武藏派出大舌头。
“大食花……都说了多少次了？不是我啊！你的对手在那边！”小次郎派出大食花，不出意外又被吞了。
“大舌头，使用舌舔。”武藏指着超甲狂犀对大舌头下达命令。
“超甲狂犀，岩石封锁。”小智让超甲狂犀用出岩石封锁，大量的岩石块向大舌头砸过去，把大舌头的舌头挡下来了。
“大食花，给我上！”小次郎这边摆脱了大食花后，立刻就对大食花下令。
“快出来了！快出来了！好！可达鸭，使用念力。”小霞激动地看着可达鸭被咬住脑袋，可达鸭出现了头痛欲裂的表情，而后，可达鸭闭上眼睛后突然睁开，并且发出蓝色的光芒，大食花不能动了。
“可达鸭，就是这样，扔飞它！”小霞对可达鸭说完，可达鸭就把大食花扔飞出去。小霞见可达鸭恢复正常，立马就跑过去，抱着可达鸭，说道：“可达鸭，你还是挺厉害的嘛！”可达鸭不明所以地歪着头。
“超甲狂犀，使用尖石攻击。”小智也让超甲狂犀进攻，被控制住的大舌头就这样被尖石击飞了。
这时，火箭队的喵喵说道：“今天的战斗不止有宝可梦，还有秘密武器啊喵……”突然，小智的喵喵和耿鬼出现了：“吃我一记乱抓！”火箭队的喵喵叫了一声：“啊！好痛啊喵！你们干什么啊喵？”小智的喵喵哈哈大笑道：“哈哈！你们是不是忘了还有我们俩啊？老顽童，上！使用暗影球！”耿鬼桀桀一笑：“桀桀！小喵咪，不和他们多玩会吗？”喵喵道：“快点打完，快点收工！”于是，耿鬼使出暗影球砸向火箭队三人组，在一声“好讨厌的感觉啊！”中开始了飞天之旅。
火箭队三人组飞走后，小智问道：“大家都没事吧？”耿鬼和喵喵回答道：“没事。”
就在这时，小茂出现了：“你还是这么厉害啊，小智！”身后还跟着一只超甲狂犀，但是，体型就比小智的超甲狂犀要小太多了。
小建走向前去观察小茂的超甲狂犀了：“这只超甲狂犀发育得相当好啊！”大木博士解释说：“那是因为小茂这半年一直都在和青绿一起做特训呢！”
小茂突然向小智发出挑战：“小智，自从石英大会结束后，我就一直以赶超你为目标而努力训练着，现在我要向你挑战！”
对于挑战，小智是不会拒绝的：“小茂，我接受你的挑战。”
“去吧！大比鸟，就决定是你了！”小智派出了巨大大比鸟。
“是巨大大比鸟啊！去吧，伊布。”小茂派出的是伊布。
“大比鸟，使用羽毛舞。”
“伊布，用反射壁。”
小智见小茂让伊布用反射壁就知道小茂以为羽毛舞是攻击技能，但是小茂一看无事发生，惊讶道：“什么？”小智只好解释：“羽毛舞不是攻击技能哦！小茂，接下来到我了，大比鸟，使用飞沙脚。”
“伊布，使用影子分身。”小茂的反应还是很快的，伊布立刻制造了好几个分身，飞沙脚只打中了其中的四个，而且还没有命中本体。
“大比鸟，使出龙卷风。”小智知道这个时候要使用大范围攻击技能才行，巨大的龙卷风把伊布和影子分身都卷了进去，影子分身都消失不见，本体也被卷出去。
“伊布，加油啊！使用猛撞！”
“大比鸟，高速移动避开。”
看着冲向大比鸟的伊布，大比鸟没有选择正面对碰，而是暂避锋芒，用高速移动避开了攻击。
“大比鸟，再来一次龙卷风。”小智让大比鸟继续用龙卷风来攻击，伊布根本来不及避开，又被击中了。
“伊布，别这样就输了，使出火箭头锤！”看样子小茂打算一招定胜负了，不过，也可以看出这只伊布刚出生不久，技能都很普通。
“大比鸟，龙卷风再用一次。”小智依旧让大比鸟使用龙卷风，伊布这次撞到了龙卷风里面，被卷晕了过去。
大木博士来宣布比赛结果：“伊布失去战斗能力，大比鸟胜利！所以，这次比赛结果是小智胜！”
小茂收回了伊布，对小智说道：“伊布，回来吧！没想到我跟着爸爸修行了这么久，还是没法打败你，不过，我是不会放弃的，小智，你等着，我会继续努力，直到超过你为止。”说完，独自一人离开了。小智目送小茂离开，心中默默地说道：我等着你，小茂。
之后，小智将科拿送的宝可梦蛋交给大木博士，拜托大木博士将它孵化，小建就留在大木博士研究所，小智，小霞，小刚三人回到了小智的家中。
接下来，小智就在家中陪着妈妈花子和女朋友小霞，一家人其乐融融地度过了几天平常的日子。值得一提的是：科拿送小智的宝可梦蛋也在这几天成功孵化了，是一只小海狮，小智也用精灵球将小海狮收服了。